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退化意味著隨時間的推移菌種的一個或多個特性逐步減退或消失的現(xiàn)象，一般常指菌株的生活力、產(chǎn)孢子能力的衰退和目的產(chǎn)物產(chǎn)量的下降。 盡管有時出現(xiàn)相同的退化現(xiàn)象，但其原因可能很不一致，在排除雜菌污染和環(huán)境條件的因素后，一般可歸因?yàn)椋?/span>由于菌系不純，如既有正常菌株，也有產(chǎn)量高產(chǎn)孢弱的菌株，還有產(chǎn)孢高而產(chǎn)量低的菌株，經(jīng)過連續(xù)分離高產(chǎn)菌株后，有時使產(chǎn)量高產(chǎn)孢弱的菌株占優(yōu)勢。這種情況可以通過定向篩選，是可以找回高產(chǎn)的正常菌株的。由于不純的異核菌絲體分裂，致使產(chǎn)量降低的情況。分析表明，群體中生長快、產(chǎn)量低的部分是生長弱、產(chǎn)量高菌株中的一個亞株，有時前者有較高的利用碳水化合物的能力，混合培養(yǎng)時，整體表現(xiàn)為產(chǎn)量很低。要避免這種現(xiàn)象的出現(xiàn)，在菌種選育時就應(yīng)避免使用含有多核的孢子和菌絲片段。有時即使應(yīng)用單核孢子，由于嵌合作用的發(fā)生，一個單倍體突變形成了異核體，仍會出現(xiàn)不純的菌落。或者堿基順序的突變只發(fā)生于DNA雙鏈的一股上，夏制時就形成了一個突變的子細(xì)胞和一個未突變的子細(xì)胞。一般認(rèn)為誘發(fā)DNA堿基轉(zhuǎn)換或顛換等變化時，多出現(xiàn)不穩(wěn)定菌株，而誘發(fā)缺失變異時，出現(xiàn)穩(wěn)定菌株較多，因?yàn)槿笔蛔儾荒芑貜?fù)。有些由營養(yǎng)缺陷型和抗結(jié)構(gòu)類似物選育而來的菌株，存在著產(chǎn)生回復(fù)突變?yōu)橐吧投档彤a(chǎn)量的問題，這無疑是真正的退化。在篩選時就應(yīng)注意到選用雙重營養(yǎng)缺陷型，或者既是營養(yǎng)缺陷又是抗結(jié)構(gòu)類似物，因這類菌株發(fā)生回復(fù)突變的幾率較小。抗結(jié)構(gòu)類似物的高產(chǎn)菌株，可在培養(yǎng)液中加入適量機(jī)構(gòu)類似物，以防止回復(fù)突變株的增值。利用高產(chǎn)株和回復(fù)突變株對抗生素敏感性不同，加適量抗生素也是防止回復(fù)株增值的方法之一。其他變異造成的代謝失調(diào)：如主流代謝轉(zhuǎn)為合成大量代謝產(chǎn)物的支路代謝而導(dǎo)致細(xì)胞活力的減弱或使產(chǎn)孢子的能力逐代減退。這些情況，有時可通過與未退化的菌株雜交或通過合適的寄主（出發(fā)菌株為病原菌或兼性寄生菌）傳代得以恢復(fù)。除了上述的原因和采取相應(yīng)防止退化的措施外，尚有若干措施可以考慮：由于基因突變是菌種退化的一個重要原因，因此，盡可能減少突變是防止退化的重要一環(huán)。一般而言，低溫保藏可以減少突變發(fā)生。制定科學(xué)的技術(shù)管理制度也是防止退化的重要環(huán)節(jié)。例如，在使用時多制作平行的菌種斜面，少轉(zhuǎn)接傳代。在建立新的生產(chǎn)菌株時或在使用過程中認(rèn)真進(jìn)行單菌落分離。選擇一種有利于高產(chǎn)（或其它有利性狀）菌而不利于低產(chǎn)（或其它不利性狀）菌株的培養(yǎng)條件。例如，對一些抗藥性，抗噬菌體菌株作單菌落分離以后，在有藥物或噬菌體的條件下培養(yǎng)一定時間。對由于上述遺傳學(xué)方面的原因造成的高產(chǎn)菌株的高產(chǎn)性狀不穩(wěn)定，首先在菌種選育中就應(yīng)注意菌株產(chǎn)量分布中的穩(wěn)定，而不僅僅以產(chǎn)量的數(shù)值為準(zhǔn)。用單倍化試劑（如雙氟苯丙氨酸）處理高產(chǎn)菌株，有提高菌株穩(wěn)定化的作用。也有報道用有毒的前體處理生產(chǎn)菌株，可淘汰低產(chǎn)菌株，穩(wěn)定和提高了菌株的生產(chǎn)能力。向生長培養(yǎng)基中加入錳，可增加菌株的穩(wěn)定性。
本文參考《發(fā)酵微生物學(xué)》一書。